Vyriausioji administracinių ginčų komisija išankstine ne teismo tvarka nagrinėja skundus (prašymus) dėl centrinių valstybinio administravimo subjektų (ministerijų, departamentų, inspekcijų, tarnybų, komisijų ir kitų valstybės institucijų) priimtų individualių administracinių aktų ir veiksmų teisėtumo, taip pat dėl minėtų subjektų atsisakymo ar vilkinimo atlikti jų kompetencijai priskirtus veiksmus teisėtumo ir pagrįstumo (Administracinių ginčų komisijų ĮSTATYMAS 1999 01 14 Nr.VIII-1031, 9str.1d.).
Komisija taip pat nagrinėja ginčus, dėl terminų, procedūrų ir pareigų nevykdymo, nagrinėjant asmenų skundus (prašymus) viešojo administravimo centrinėse institucijose.